Una #consulta para los que controláis #GIT

Estoy en una máquina con Windows 7 y gestiono GIT desde una interfaz #Babun (una versión más nueva de #cygwin) con lo que tengo una consola GNU/Linux.

Cloné unos repositorios remotos que voy actualizando y subiendo o bajando cosas.

Por otra parte, tengo una máquina virtual con #VirtualBox también con Windows 7 y también con Babun desde la que intento hacer las mismas operaciones con los repos que están en particiones/carpetas compartidas de VirtualBox.

El caso es que si hago un git status desde la máquina real en los repos está perfectamente sincronizada, pero si paso a la máquina virtual se cree que está todo desactualizado.
No sé si es que se lía porque los usuarios de Babun o de la máquina virtual son diferentes o que hay algo que no tengo en cuenta.

¿Me explico?