Conclusión:
No es una buena idea usar la tarjeta SD de la Pi para otra cosa que no sea arrancarla. Base de datos, datos y raíz mejor tenerlas en un disco externo.
Ahora mismo estoy moviendo (previo backup) las dos particiones que tenía en la SD a un pincho USB de 128 GB.
La tarjeta SD no la reemplazaré puesto que todavía cumple su función que es arrancar la máquina.
Inicialmente no podía hacer una imagen de la SD dañada (error e/s), al segundo intento en otro lector tuve suerte.